双脱氧链末端终止法的巧妙之处在于引入了双脱氧核苷三磷酸（dlNTP)作为链合成的终止剂，结果获得一系列有相同起点端而终止端在长度上相差仅一个核苷酸的以A、T.G.C为结尾的四组由所有可能长度核苷酸片段组成的DNA片段群，通过聚丙烯酰胺凝胶变性电泳，将以上在长度上差一个核苷酸的DNA片段群相互分开，最后通过放射自显影将经变性电冰分开的DNA片段进行显色和分析。采用毛细管电冰技术，应用四色荧光染料标记ddNTP，采用基因分析仪（即DNA测序仪）已可对序列测定自动化，分析结果能以凝胶电冰图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。DNA序列分析常用于分析未知或已知的基因突变。

方法1——以反转录产物为模板，扩增内参基因。理论上，cDNA是长短不一的DNA片段，所以电泳的结果模糊一片，如果RNA丰度低，电泳也可能是无产物，但是这种情况不代表PCR会无结果。检测cDNA一般可以用内参基因，扩增有结果，说明cDNA的质量基本可以保证。

方法2——以反转录产物为模板，扩增已知的目的基因。如果有已知以此模板扩出来的基因，可以用此基因的引物验证。通常内参基因在cDNA中丰度高，很容易扩出。如果cDNA因为各种原因导致部分降解，从几率的角度讲，就会大大影响低丰度的目的基因的PCR结果，而内参因为依然是高丰度，扩增很可能不受影响。